El propósito de este documento es estandarizar conceptos y procedimientos para la implementación e integración de la vigilancia genómica de SARS-COV-2 a la vigilancia general de COVID-19 con el objetivo de identificar las variantes presentes en el país, detectar de manera oportuna variantes de interés para la salud pública que se introduzcan en el territorio; así como caracterizar la posible participación de las diferentes variantes en situaciones como reinfecciones o personas vacunadas.